انفجار ششم تیر آغاز علنی مرحله نظامی سازمان منافقین ٬ پیامدهای فوری مختلفی به همراه داشت:

«تنفر عمیق مردم از این حرکت و توقع آنها از دولت در سرکوب قاطع منافقین، برخوردمحکم وتردیدناپذیر مقامات قضایی ٬ کمیته و سپاه که متناسب با افکار عمومی عمل کردند ٬ چنان ضربه ای به سازمان زد که به هیچ عنوان تصورش را نمی کرد. »1

درگیری های پراکنده مسلحانه و اقدام به بمب گذاری و آمادگی برای ترورهای گسترده توسط سازمان از فردای سی ام خرداد آغاز شد.« روز دوم تیرماه یک بمب در سالن راه آهن قم در لحظه پیاده و سوار شدن مسافرین منفجر گردید و 7 شهید و بیش از 50 زخمی به جای گذاشت. روز سوم تیر با هوشیاری مردم یک بمب قوی در جنب یک هنرستان دخترانه در تهران کشف و خنثی می شود.» 2

روز جمعه پنجم تیر انتخابات میاندوره ای مجلس شورای اسلامی در 19 شهر کشور برگزار شد و حضور گسترده مردم در نمازهای جمعه در آن روز با تظاهرات و شعارهای گروه های مختلف مردم در مخالفت با بنی صدر و سازمان همراه بود. آیت الله خامنه ای امام جمعه تهران در سخنان خود ضمن ارائه تحلیلی از عملکرد سازمان خطاب به سران سازمان گفت:

«من سوابق و ضعف های آنها را می دانم و خود آنها می دانند که ما به خوبی آنها رامی شناسیم. من می گویم که خودتان را در تاریخ رسوا کردید و حرف های [قبلی] خود را تخطئه نمودید...

شما ای مجاهدین خلق مقابله خود را با دولت وحکومت اسلامی به حساب مقابله با ارتجاع می گذارید. ارتجاع با منطق اسلام یا منطق کمونیسم؟ ارتجاع در منطق اسلام یعنی ارتداد و شماها هستید که مرتجعید. »3

وی همچنین در سخنان خود جوانان و نوجوانان هوادار سازمان را به تفکر و توجه به واقعیات و پذیرش نصایح خیرخواهان فراخواند و آنان را از دنباله روی بدفرجام سران سازمان تحذیر نمود.

بعدها، سودابه سدیف، مشاور بنی صد،ر پس از دستگیری اعتراف کرد که پس از عزل قانونی رییس جمهور و پنهان شدن او ٬ بنی صدر به رجوی پیام داد که « باید شروع به زدن رأس های آنها [ حاکمیت نظام جمهوری اسلامی] نمود، چاره دیگری نیست.»4

حسین نواب صفوی یکی از رابط های اصلی بنی صدر و سازمان نیز بعد از بازداشت، به رغم اینکه تأکید داشت که بنی صدر برای مقابله با نظام بر بسیج مردم ٬ با تردید تصریح کرد که این، نکته هم مطرح شد که « اگر نتوانیم مردم را بسیج کنیم ٬ باید اینها را فلج کرد، یک چیزی در همین حدود، شاید گفت باید سران را از بین برد»5

رجوی بعد از اختلاف با بنی صدر دیدگاه های او را در مورد ترورهای سال 60 چنین تبیین می نماید:« آقای بنی صدر به خوبی به یاد دارند که در آن اوایل... رفسنجانی را در شمار «خمسه خبیثه» واجب القتل دانسته و به تأکیدخواستار آن بودند که در ردیف بهشتی ملعون که هر دو نفر به اضافه سه دیگردستشان تا مرفق به خون و جنایت آلوده بود مهدورالدم و شایسته مجازات شناخته شود»6

رجوی در بیانی دیگر با تحقیر دیدگاه بنی صدر می نویسد:

«... آنچه بنی صدر از مبارزه مسلحانه مجاهدین انتظار داشت ، اساساً چیزی جز دفع شرّ تعدادی از مهره های بالای رژیم نبود..»7

رییس جمهور معزول که خود به دستاویزی برای شورش مسلحانه سازمان تبدیل شده بود، با تأکید یا در واقع اعلام موافقت خود با آغاز ترور مسئولان بلندپایه نظام جمهوری اسلامی، تسریع در اقدام برنامه ریزی شده قبلی سازمان را خواستار شده بود. روز ششم تیرماه با انفجار بمب کار گذاشته شده در ضبط صوت بزرگی که روی تریبون سخنرانی آیة الله خامنه ای در مسجد اباذر تهران قرار داده شده بود، پروژه حذف رهبران اصلی جریان پیرو خط امام توسط سازمان کلید خورد.

خوشبختانه امام جمعه محبوب تهران و نماینده امام در شورایعالی دفاع از این سوءقصد که می توانست به فاجعه ای بزرگ منجر شود، بر اثر کامل عمل نکردن بمب، جان سالم به در برد ولی جراحات شدیدی بر ایشان وارد گشت. براساس خبر منتشره در همان زمان ٬ آیه الله خامنه ای از نقطه بالای کتف راست و بالای ران سمت راست» مجروح شد و «استخوان ترقوه» او شکست و چند رگ و عصب دست راست وی نیز قطع شده بود.

مسجد اباذر تهران در یکی از جنوبی ترین مناطق واقع شده بود و آیة الله خامنه ای مدتی بود که در آنجا پس از نماز ظهر و عصر برنامه هفتگی سخنرانی و پرسش و پاسخ برگزار می کرد. هم زمان با انفجار بمب مزبور، بمبی نیز در میدان انقلاب تهران منفجر شد و یک بمب هم در تقاطع خیابان ولی عصر(عج) و طالقانی پیش از انفجار کشف و خنثی گردید.

روزنامه کیهان به مدیریت حجة الاسلام سیدمحمد خاتمی در سرمقاله خود با عنوان« توده های مردم از ماجرای ترور خامنه ای می گویند» چنین نوشت: « دیروز بخش وسیعی از مردم درمقابل بیمارستان جمع شده بودند... دست به دعا برداشته بودند و باچشم های اشک آلود از خدای خودمی خواستند که امام جمعه تهران زنده بماند و توطئه آمریکا نقش برآب گردد... از هر کس و هر دسته ای که سؤال می کردیم ٬ مردم بلافاصله پاسخ می دادند که این کار، کارجنبشی ها[= سازمان] است... عموحسین گفت مگر درنمازجمعه این هفته شرکت نکردید؟ در آنجا آقای خامنه ای به سران مجاهدین گفت شماها را خوب می شناسیم ٬شماها کار آمریکا را آسان کردید... اما معلوم بود که جنبشی ها نمی توانستند کیفر آقای خامنه ای را فی المجلس اداکنند! لذا به زودی و به طورمضاعف یعنی درهمین دیروز به مسجد اباذر رفتند و در ضبط صوت مواد منفجره گذاشتند.

حضرت امام خمینی(ره) طی پیامی خطاب به آیة الله خامنه ای، ترور شخصیت های انقلاب را موجب افزایش قدرت مقاومت در صفوف فشرده ملت توصیف کرده ضمن اشاره تلویحی ولی روشن به مسئولیت منافقین در این اقدام، در مورد ابعاد و آثار آن چنین نگاشت:

« اکنون دشمنان انقلاب به سوءقصد به شما که از سلاله رسول اکرم (ص) وخاندان حسین بن علی(ع)هستید و جرمی جزخدمت به اسلام و کشور اسلامی ندارید و سربازی فداکار در جبهه جنگ و معلمی آموزنده در محراب وخطیبی توانا در جمعه و جماعات و راهنمایی دلسوز در صحنه انقلاب می باشید ، آن قدر از بینش سیاسی بی نصیبند که بی درنگ پس ازسخنان شما درمجلس و[نماز]جمعه وپیشگاه ملت به این جنایت دست زدند و به کسی سوءقصد کردند که آوای دعوت او به صلاح و سداد در گوش مسلمین جهان طنین انداز است... آیا با این اعمال وحشیانه و جرایم ناشیانه وقت آن نرسیده است که جوانان عزیز فریب خورده از دام خیانت اینان رهاشوند، و پدران و مادران ٬جوانان عزیزخود را فدای امیال جنایتکاران نکنند و آنان را از شرکت درجنایات آنان برحذر دارند؟»
آیت الله بهشتی ، رییس دیوان عالی کشور ٬ محمدعلی رجایی ، نخست وزیر ٬ مجلس شورای اسلامی و سایر نهادهای انقلابی و آقای منتظری در پیام های جداگانه ای ضمن محکوم کردن سوءقصد به آیت الله خامنه ای منافقین را به تلویح یا تصریح مسئول این اقدام بر شمردند.

اما سازمان رسماً مسئولیت سوءقصد به آیة الله خامنه ای را برعهده نگرفت و حتی بر قسمتی از بدنه داخلی ضبط صوت انفجاری با ماژیک نوشته شده بود« هدیه گروه فرقان»، و جزوه ای نیز با امضای این گروه درباره این سوءقصد انتشار یافت. در حالی که مؤسس و اعضای اصلی این گروه در سال 58 و 59 شناسایی و دستگیر شده بودند و هیچ تشکیلاتی از این گروه در سال 1360 در داخل کشور وجود نداشت که قادر به انجام یک اقدام مسلحانه باشد. در برخی از اعلامیه ها و جزوات قبلی این گروه از بنیانگذاران و ایدئولوژی سازمان تجلیل و اعلام حمایت شده بود ، و قرائن معدودی هم در مورد ارتباط تشکیلاتی سازمان با فرقان وجود داشت ٬ امّا آشکار بود که سازمان در همان آغاز عملیات تروریستی خود در تیرماه 60 با طرح نام گروه فرقان و انتشار اطلاعیه جعلی به نام آن گروه ٬ کوشید تا ٬ هم چهره تروریستی خود را پنهان کند و هم علاوه بر انحراف افکار عمومی، مسئولان امنیتی و انتظامی را نیز گمراه نماید.

معاون وقت دادستان انقلاب در خاطرات خود تصریح کرده است که« جواد قدیری یکی از طراحان مهم انفجار مسجد اباذر بود». وی که نام کاملش محمدجواد قدیری مدرس است و از اعضای قدیمی و سازمان و نفوذی در کمیته انقلاب مستقر در اداره دوم ستاد ارتش بود، بعداز سوءقصد نافرجام به آیت الله خامنه ای متواری شد و از کشور گریخت و در سال ٬ 1364 نام قدیری در لیست شورای مرکزی به عنوان «عضو مرکزیت» سازمان درج گردید.

در همان زمان در اغلب خبرهای مطبوعات و واکنش های اقشار مختلف مردم و گروه های سیاسی ٬ بدون کمترین تردیدی ٬ سازمان مسئول انفجار مسجد اباذر معرفی و شناخته می شد.

بعدها نیز در بیانیه وزارت خارجه آمریکا درباره سازمان ٬ مجروح شدن آیت الله خامنه ای یکی از مجموعه اقدامات تروریستی سازمان خوانده شد.سازمان نیز در نفی این واقعیت مجدداً اعلام نمود که سوءقصد به آیت الله خامنه ای « قبل از شروع مبارزه مسلحانه مجاهدین» توسط گروه فرقان انجام شده « که هیچ ربطی به مجاهدین» نداشت. کاملاً آشکار است که سازمان بنا به دلایل سیاسی ٬ حقوقی و تبلیغاتی ٬ به رغم پذیرش رسمی مسئولیت بسیاری از اقدامات تروریستی بعدی خود ٬ همچنان مایل و قادر نیست که به نقش خود در انفجار ششم تیر اعتراف نماید.